O Jardim Botânico do Rio de Janeiro foi fundado em 13 de junho de 1808. Ele surgiu de uma decisão do então príncipe regente português D. João de instalar no local um jardim para aclimatação de espécies vegetais originárias de outras partes do mundo.

Sob a direção do botânico João Barbosa Rodrigues (1842-1909), a pesquisa científica ganhou impulso na instituição. Foram criados o herbário e a biblioteca, e reorganizadas as estufas e viveiros, além do Museu Botânico. As obras de arte foram colocadas de forma a despertar a sensibilidade, valorizando ainda mais a natureza e a construção humana. Esculturas, pontes, pérgulas, chafarizes, lago e outros elementos, juntamente com as aleias e canteiros, passaram a fazer parte da paisagem do Jardim Botânico e da memória afetiva dos visitantes.

Liderança nacional nos estudos sobre a flora brasileira

No ano de 1915, assumiu a direção do Jardim Botânico o médico e cientista Antônio Pacheco Leão. O médico inseriu, ainda mais, a pesquisa do Jardim Botânico na vanguarda das ciências que se faziam na época. Para tanto, foi fundamental a admissão de outros botânicos consagrados. Com a entrada desses cientistas na instituição, foram impulsionadas significativamente as pesquisas em taxonomia vegetal. Com isso, o Jardim Botânico permaneceu na liderança nacional nos estudos sobre a flora brasileira.

No ano de 1989, foi criado o Centro de Responsabilidade Socioambiental. O centro capacita jovens de 16 a 18 anos provenientes de comunidades carentes da região para o mercado de trabalho.

Em 2001, com a criação da Escola Nacional de Botânica Tropical, o JBRJ passou a oferecer cursos de extensão e pós-graduação.

Em 2008, destaca-se a criação do Centro Nacional de Conservação da Flora (CNCFlora). Referência nacional sobre biodiversidade e conservação da flora brasileira, o local conta com recursos financeiros doados pelo Fundo Mundial para o Meio Ambiente.

No plano cultural, a criação do Museu do Meio Ambiente e do Espaço Tom Jobim situam-se numa estratégia do Jardim Botânico de integrar cultura, meio ambiente e conhecimento científico.

Em suma a história da instituição está representada em muitas coleções organizadas por antigos cientistas, que introduziram espécies coletadas, principalmente de excursões pelo território nacional. Essas coleções, ou mesmo indivíduos solitários de alguma espécie, representam, muitas vezes, projetos de pesquisa que resultaram em importantes colaborações para a ciência.

Hoje, o Instituto de Pesquisas Jardim Botânico do Rio de Janeiro, é um órgão federal vinculado ao Ministério do Meio Ambiente. O instituto constitui-se como um dos mais importantes centros de pesquisa mundiais nas áreas de botânica e conservação da biodiversidade.